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La microbiota intestinal es el conjunto de microorganismos que habitan en el intestino y que cumplen importantes funciones para el organismo. 

Estas bacterias son necesarias para la digestión de los alimentos, sobre todo de los carbohidratos, son capaces de sintetizar algunas vitaminas, como la vitamina K y son imprescindibles para mantener la denominada función de barrera intestinal, que hace referencia a la capacidad que tiene la mucosa intestinal de permitir el paso de sustancias nutritivas y necesarias, pero de impedir el paso de tóxicos o patógenos. 

Pero además de estas funciones relacionadas directamente con el aparato digestivo, tienen también un importante papel relacionado con el sistema inmunitario. La presencia de estas bacterias beneficiosas en el intestino, impide la proliferación de otras bacterias patógenas que también se beneficiarían de la vida en ese hábitat. Las bacterias de la microbiota intestinal, al consumir el alimento disponible y ocupar los espacios posibles, impiden que otras bacterias puedan hacerlo. Además, las bacterias beneficiosas, producen sustancias que dañan a las bacterias patógenas, actuando casi como un antibiótico. Gracias a estas acciones, las bacterias de la microbiota intestinal, nos protegen de posibles infecciones intestinales. 

Pero no solo esto, sino que las bacterias intestinales contribuyen al desarrollo y entrenamiento del sistema inmune, modulando la funcionalidad de los linfocitos. 

Por todo esto, cuando cuidamos nuestra microbiota intestinal con una alimentación adecuada, rica en fibra y tomando probióticos cuando hay que restaurar la microbiota, estamos también cuidando nuestro propio sistema inmunológico.